Kinerja papat tes amplifikasi asam nukleat kanggo ngenali SARS-CoV-2 ing Ethiopia

Matur nuwun kanggo ngunjungi Nature.com.Sampeyan nggunakake versi browser kanthi dhukungan CSS winates.Kanggo pengalaman paling apik, disaranake sampeyan nggunakake browser sing dianyari (utawa mateni Mode Kompatibilitas ing Internet Explorer).Kajaba iku, kanggo njamin dhukungan sing terus-terusan, kita nuduhake situs kasebut tanpa gaya lan JavaScript.
Nampilake carousel telung slide bebarengan.Gunakake tombol Sadurungé lan Sabanjure kanggo pindhah liwat telung minger bebarengan, utawa nggunakake tombol panggeser ing mburi kanggo pindhah liwat telung minger bebarengan.
Wiwit wabah penyakit koronavirus (COVID-19) 2019, akeh tes amplifikasi asam nukleat komersial (NAAT) wis dikembangake ing saindenging jagad lan wis dadi tes standar.Sanajan sawetara tes dikembangake kanthi cepet lan ditrapake kanggo tes diagnostik laboratorium, kinerja tes kasebut durung dievaluasi ing macem-macem setelan.Mula, panliten iki nduweni tujuan kanggo ngevaluasi kinerja Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI, lan Sansure Biotech assays nggunakake Composite Reference Standard (CRS).Panaliten kasebut ditindakake ing Institut Kesehatan Masyarakat Ethiopia (EPHI) wiwit 1 nganti 30 Desember 2020. 164 conto nasofaring diekstraksi nggunakake kit mini QIAamp RNA lan sistem persiapan sampel DNA Abbott.Saka 164 spesimen, 59,1% positif lan 40,9% negatif kanggo CRS. Positivitas Sansure Biotech sacara signifikan kurang dibandhingake karo CRS (p <0.05). Positivitas Sansure Biotech sacara signifikan kurang dibandhingake karo CRS (p <0.05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже saka сравнению ing CRS (p < 0,05). Asil positif Sansure Biotech luwih murah tinimbang CRS (p <0.05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。 У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов saka сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech nduweni asil positif sing luwih sithik dibandhingake karo CRS (p <0.05).Kesepakatan sakabèhé saka papat analisis yaiku 96.3-100% dibandhingake karo CRS.Saliyane tingkat positif saka tes Sansure Biotech, kinerja papat tes meh padha.Dadi, tes Sansure Biotech [Mung Riset (RUO)] mbutuhake validasi tambahan kanggo panggunaan ing Ethiopia.Pungkasan, riset tambahan kudu dianggep kanggo ngevaluasi tes kanthi klaim produsen sing cocog.
Tes laboratorium minangka bagean saka Rencana Strategis Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) kanggo Kesiapsiagaan lan Tanggapan (SPRP) Coronavirus Disease 2019 (COVID-19).WHO menehi saran supaya negara-negara kudu mbangun kapasitas laboratorium kanggo nambah kesiapan, manajemen kasus sing tepat, kewaspadaan lan respon cepet kanggo tantangan kesehatan masyarakat.Iki nuduhake manawa peran laboratorium minangka kunci kanggo menehi ciri penyakit lan epidemiologi agen infeksi sing muncul lan ngontrol panyebaran kasebut.
Diagnosis COVID-19 mbutuhake informasi epidemiologis lan medis, gejala/tandha pribadi, lan data radiografi lan laboratorium2.Wiwit wabah COVID-19 dilaporake ing Wuhan, China, akeh tes amplifikasi asam nukleat komersial (NAAT) wis dikembangake ing saindenging jagad.Real-time reverse transcription polymerase chain reaction (rRT-PCR) wis digunakake minangka cara rutin lan standar kanggo diagnosa laboratorium saka infèksi sindrom pernapasan akut parah 2 (SARS-CoV-2)3.Deteksi molekuler SARS-CoV-2 biasane adhedhasar gen N (nukleokapsid protein), E (gen protein amplop), lan gen RdRp (gen RNA polimerase sing gumantung RNA) ing ORF1a/b (bingkai maca 1a/b) .gen) wilayah sing diidentifikasi saka genom virus.Iki dianggep minangka wilayah konservasi utama sing ditemokake ing genom virus kanggo pangenalan virus4.Ing antarane gen kasebut, gen RdRp lan E nduweni sensitivitas deteksi analitik sing dhuwur, dene gen N nduweni sensitivitas analitik sing sithik5.
Kinerja tes PCR bisa beda-beda gumantung saka macem-macem faktor kayata: reagen ekstraksi, reagen amplifikasi/deteksi, metode ekstraksi, kualitas mesin PCR lan instrumen liyane.Ing April 2020, luwih saka 48 piranti diagnostik beda saka sangang negara wis nampa Izin Penggunaan Darurat (EUA) kanggo diagnostik COVID-196.Ing Ethiopia, luwih saka 14 platform PCR wektu nyata digunakake kanggo deteksi PCR SARS-CoV-2 ing 26 institusi kesehatan umum, kalebu ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 lan Quant-studio7.Kajaba iku, macem-macem alat tes PCR kasedhiya, kayata tes Daan Gene, tes Abbott SARS-CoV-2, tes Sansure Biotech, lan tes BGI SARS-CoV-2.Sanajan rRT-PCR sensitif banget, sawetara pasien COVID-19 nglaporake asil negatif palsu amarga ora cukup salinan asam ribonukleat virus (RNA) ing conto amarga pengumpulan, transportasi, panyimpenan lan penanganan sing ora bener, lan tes laboratorium.kahanan lan tumindake personel8.Kajaba iku, conto utawa kontrol mishandling, setelan batesan siklus (Ct), lan reaktivitas silang karo asam nukleat patogen liyane utawa RNA SARS-CoV-2 sing ora aktif / sisa bisa nyebabake asil positif palsu ing tes rRT-PCR9.Mangkono, cetha yen tes PCR pancen bisa ngenali operator fragmen gen, amarga ora bisa mbedakake antarane gen virus sing bener-bener aktif, mula tes kasebut mung bisa ngenali operator lan dudu pasien10.Mulane, penting kanggo netepake kinerja diagnostik nggunakake metode standar ing setelan kita.Sanajan akeh reagen NAAT kasedhiya ing Institut Kesehatan Umum Ethiopia (EPHI) lan ing saindenging negara, durung ana evaluasi komparatif babagan efektifitase.Mula, panliten iki nduweni tujuan kanggo ngevaluasi kinerja komparatif kit sing kasedhiya kanthi komersial kanggo deteksi SARS-CoV-2 kanthi rRT-PCR nggunakake spesimen klinis.
Gunggunge 164 peserta sing dicurigai COVID-19 kalebu ing panliten iki.Mayoritas sampel saka pusat perawatan (118/164 = 72%), dene sisane 46 (28%) peserta saka pusat non-perawatan.Antarane peserta sing ora diobati ing pusat, 15 (9.1%) duwe kasus sing dicurigai sacara klinis lan 31 (18.9%) duwe kontak kasus sing dikonfirmasi.Sangang puluh telu (56,7%) peserta lanang, lan umur rata-rata (± SD) peserta yaiku 31,10 (± 11,82) taun.
Ing panliten iki, tingkat positif lan negatif saka papat tes kanggo COVID-19 ditemtokake.Dadi, tingkat positif saka tes Abbott SARS-CoV-2, tes Daan Gene 2019-nCoV, tes BGI SARS-CoV-2, lan tes Sansure Biotech 2019-nCoV masing-masing 59.1%, 58.5%, 57.9% lan 55.5%. .Skor standar referensi komposit (CRS) positif lan negatif yaiku 97 (59,1%) lan 67 (40,9%) (Tabel 1).Ing panliten iki, definisi CRS adhedhasar aturan "positif apa wae", sing saka papat asil tes, loro utawa luwih asil tes sing menehi asil sing padha dianggep bener positif utawa negatif.
Ing panliten iki, kita nemokake persetujuan persentase negatif (NPA) 100% (95% CI 94.6-100) kanggo kabeh analisis dibandhingake karo CRS.Analisis Bioteknologi Sansure nuduhake PPA minimal 93.8% (95% CI 87.2-97.1) lan analisis Daan Gene 2019-nCoV duwe persetujuan sakabèhé 99.4% (95% CI 96.6-99.9).Beda, persetujuan umume antarane tes SARS-CoV-2 BGI lan tes Sansure Biotech 2019-nCoV yaiku 98.8% lan 96.3% (Tabel 2).
Koefisien persetujuan kappa Cohen ing antarane asil tes CRS lan Abbott SARS-CoV-2 konsisten (K = 1.00).Kajaba iku, nilai kappa Cohen sing dideteksi dening Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI, lan Sansure Biotech 2019-nCoV uga konsisten karo CRS (K ≥ 0.925).Ing analisis komparatif iki, tes chi-kuadrat (uji McNemar) nuduhake yen asil tes Sansure Biotech 2019-nCoV beda banget karo asil CRS (p = 0,031) (Tabel 2).
Minangka ditampilake ing Fig.1 persentase nilai Ct paling murah (<20 Ct) saka uji Abbott SARS-CoV-2 (kombinasi gen RdRp lan N) yaiku 87,6% lan nilai Ct gen ORF1a/b saka uji Sansure Biotech 2019-nCoV nuduhake yen persentase kurang Nilai Ct (<20 Ct) yaiku 50,3% lan nilai Ct dhuwur (36-40 Ct) yaiku 3,2%. 1 persentase nilai Ct paling murah (<20 Ct) saka uji Abbott SARS-CoV-2 (kombinasi gen RdRp lan N) yaiku 87,6% lan nilai Ct gen ORF1a/b saka uji Sansure Biotech 2019-nCoV nuduhake yen persentase kurang Nilai Ct (<20 Ct) yaiku 50,3% lan nilai Ct dhuwur (36-40 Ct) yaiku 3,2%.Minangka ditampilake ing Fig.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) sоставлял 50,3%, а высокое значение Ct (36–40 Ct) составляло 3,2%. 1, persentase analisis nilai Ct paling murah (<20 Ct) Abbott SARS-CoV-2 (gen gabungan RdRp lan N) yaiku 87,6%, lan nilai Ct analisis gen ORF1a/b saka Sansure Biotech 2019-nCoV nuduhake yen persentase nilai Ct sing kurang (< 20 Ct) yaiku 50,3%, lan nilai Ct sing dhuwur (36-40 Ct) yaiku 3,2%.如如 1 所所, Abbott Sars-Cov-2 检测 (结合 rdrp 和 n 基因) 的 最 低最 (<20 ct) 为 87,6%, sansur / b 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 值 基因 低 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 低 基因 基因 基因 低 ct值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值(36–40 Ct) 的百分比为3.2%. Kaya sing dituduhake ing Gambar 1, persentase nilai Ct paling murah (<20 Ct) saka tes Abbott SARS-CoV-2 (kombinasi gen RdRp lan N) yaiku 87,6%, nilai Ct gen ORF1a/b saka tes Sansure Biotech 2019-nCoV. nuduhake persentase Ct (< 20 Ct) sing kurang yaiku 50,3%, persentase 高Ct 值(36–40 Ct) yaiku 3,2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное значение Ct (< 20 Ct) в размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019 - Анализ nCoV показал низкий Ct. Kaya sing dituduhake ing Gambar 1, tes Abbott SARS-CoV-2 (nggabungake gen RdRp lan N) nduweni persentase nilai Ct sing paling murah (<20 Ct) yaiku 87,6%, dene nilai Ct saka gen ORF1a/b ing Sansure. Sinau Biotech 2019 - Analisis nCoV nuduhake Ct. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Persentase nilai (<20 Ct) yaiku 50,3%, lan persentase nilai Ct dhuwur (36–40 Ct) yaiku 3,2%.Tes Abbott SARS-CoV-2 B nyathet nilai Ct ing ndhuwur 30. Ing tangan liyane, ing BGI SARS-CoV-2 assay gen ORF1a / b duwe nilai Ct dhuwur (> 36 Ct) persentasi 4% (Fig. 1). Ing tangan liyane, ing BGI SARS-CoV-2 assay gen ORF1a / b duwe nilai Ct dhuwur (> 36 Ct) persentasi 4% (Fig. 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого составл. 4%). Ing sisih liya, ing analisis gen BGI SARS-CoV-2 ORF1a/b nduweni nilai Ct sing dhuwur (> 36 Ct), persentase kasebut 4% (Gambar 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为4%（图. Ing sisih liya, ing deteksi BGI SARS-CoV-2, persentase gen ORF1a/b kanthi nilai Ct dhuwur (>36 Ct) yaiku 4% (Gambar 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (mis. 1). Ing sisih liya, ing analisis BGI SARS-CoV-2, persentase gen ORF1a/b kanthi nilai Ct dhuwur (>36 Ct) yaiku 4% (Gambar 1).
Ing panliten iki, kita njupuk 164 sampel nasopharyngeal.Kanggo kabeh jinis tes, isolasi lan amplifikasi RNA ditindakake kanthi nggunakake metode lan kit sing disaranake produsen masing-masing.
Panaliten iki nuduhake manawa tes Abbott kanggo SARS-CoV-2 duwe kinerja deteksi sing padha karo CRS, kanthi 100% konkordansi positif, negatif, lan sakabehe.persetujuan kappa Cohen punika 1.00, nuduhake persetujuan lengkap karo CRS.Panaliten sing padha dening Universitas Washington ing AS nemokake manawa sensitivitas lan spesifik tes Abbott kanggo SARS-CoV-2 yaiku 93% lan 100%, dibandhingake karo tes sing ditemtokake laboratorium (LDA) CDC. .11. Sistem deteksi Abbott SARS-CoV-2 adhedhasar deteksi gabungan simultan saka gen N lan RdRp, amarga loro gen luwih sensitif, minimalake negatif palsu12.Panaliten ing Wina, Austria uga nuduhake yen volume sampel ekstraksi gedhe lan volume eluen deteksi nyuda efek pengenceran lan efisiensi deteksi tambah13.Mangkono, pertandhingan sampurna Abbott kanggo tes SARS-CoV-2 bisa digandhengake karo sistem deteksi platform sing bebarengan ndeteksi gen kombinatorial, ngekstrak akeh conto (0.5 ml), lan nggunakake eluen sing akeh (40 µl).
Asil kita uga nuduhake yen kinerja deteksi tes genetik Daan meh padha karo CRS.Iki cocog karo studi14 sing ditindakake ing Universitas Anhui ing Huainan, China, lan pratelan pabrikan babagan persetujuan positif 100%.Sanajan ana laporan asil sing konsisten, siji sampel negatif palsu sawise nyoba maneh eluate sing padha, nanging positif ing tes Abbott SARS-CoV-2 lan Sansure Biotech nCoV-2019.Iki nuduhake manawa ana variasi asil ing macem-macem jinis tes. Nanging, ing panliten sing ditindakake ing China15, asil tes Daan Gene beda banget (p <0.05) dibandhingake karo tes referensi sing ditemtokake laboratorium. Nanging, ing panliten sing ditindakake ing China15, asil tes Daan Gene beda banget (p <0.05) dibandhingake karo tes referensi sing ditemtokake laboratorium. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличалсято (p < 0,05) лит Nanging, ing panaliten ing China15, asil analisis Daan Gene beda banget (p <0,05) saka analisis referensi laboratorium.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测看0.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测看0. Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались отличались (p молюнось) < 0,00 Nanging, ing panaliten ing China15, asil tes genetik Daan beda banget (p <0.05) dibandhingake karo tes laboratorium referensi.Bedane iki bisa uga amarga sensitivitas tes referensi kanggo ndeteksi SARS-CoV-2, lan panaliten luwih lanjut bisa uga penting kanggo nemtokake sababe.
Kajaba iku, panliten kita ngevaluasi kinerja komparatif saka tes SARS-CoV-2 BGI karo CRS, nuduhake persetujuan persentase positif sing apik banget (PPA = 97.9%), persetujuan persentase negatif (NPA = 100%), lan persetujuan persentase sakabèhé miturut jender ( OPA).).= 98,8%).Nilai Kappa Cohen nuduhake persetujuan sing apik (K = 0,975).Pasinaon ing Walanda16 lan China15 wis nuduhake asil sing konsisten.Tes SARS-CoV-2 BGI yaiku tes deteksi gen tunggal (ORF1a/b) nggunakake eluat amplifikasi/deteksi 10 µl.Senadyan persetujuan statistik apik karo asil referensi kita, analisis ora kejawab rong sampel positif (1,22%) saka total sampel.Iki bisa duwe implikasi klinis sing gedhe kanggo dinamika transmisi ing tingkat pasien lan komunitas.
Analisis komparatif liyane sing kalebu ing panliten iki yaiku tes Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO);persentasi pertandhingan sakabèhé ana 96,3%.Kekuwatan persetujuan uga ditemtokake dening nilai Kappa Cohen, yaiku 0,925, nuduhake persetujuan lengkap karo CRS.Maneh, asil kita padha karo pasinaon sing ditindakake ing Central South University ing Changsha, China, lan ing Departemen Laboratorium Klinis Rumah Sakit Rakyat Liuzhou, Liuzhou City, China17. Sanajan konkordansi statistik sing apik ing ndhuwur kacathet, tes chi-kuadrat (tes MacNemar) nuduhake yen asil tes Sansure Biotech nduweni prabédan sing signifikan sacara statistik dibandhingake karo CRS (p <0,005). Sanajan konkordansi statistik sing apik ing ndhuwur kacathet, tes chi-kuadrat (tes MacNemar) nuduhake yen asil tes Sansure Biotech nduweni prabédan sing signifikan sacara statistik dibandhingake karo CRS (p <0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению с CRS (p < 0,005). Sanajan persetujuan statistik sing apik ing ndhuwur kacathet, tes chi-kuadrat (tes McNemar) nuduhake yen asil tes Sansure Biotech nduweni prabédan sing signifikan sacara statistik dibandhingake karo CRS (p <0,005).尽管 记录 了 上述 良好 的 统计统计, 但 卡方卡方 (macnemar 检验) 表明, sansure biotech 检测 的 的 的 的 的 的 与 相比 具有 统计学统计学差异 (p <0.005).尽管 记录 了 上述 良好 统计 统计 统计 统计 统计, 但但 ((Macnemar],,, Sansure BIOTOTH ……）））） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech и CRS. Senadyan persetujuan statistik sing kacathet ing ndhuwur, tes chi-kuadrat (tes McNemar) nuduhake prabédan sing signifikan sacara statistik (p <0,005) antarane tes Sansure Biotech lan CRS.Enem sampel (3.66%) ditemokake minangka negatif palsu dibandhingake karo CRS (Tabel Tambahan 1);iki penting banget, utamane amarga dinamika transmisi virus.Data ing ndhuwur uga ndhukung tingkat deteksi sing kurang15.
Ing panliten iki, nilai Ct ditemtokake kanggo saben assay lan platform masing-masing, kanthi rata-rata nilai Ct paling murah sing dilaporake ing tes Abbott SARS-CoV-2.Asil iki bisa uga ana gandhengane karo sistem tes genetik gabungan Abbott kanggo deteksi SARS-CoV-2.Mula, miturut Gambar 1, 87,6% asil Abbott SARS-CoV-2 duweni nilai Ct ing ngisor 20. Mung sawetara asil sampel (12,4%) ana ing kisaran 20-30.Nilai Ct ing ndhuwur 30 ora direkam.Saliyane nggunakake format tes genetik panel SARS-CoV-2 Abbott, asil iki bisa uga ana gandhengane karo watesan deteksi sing luwih murah (32.5 salinan RNA / mL) 18, sing kaping telu luwih murah tinimbang watesan ngisor perusahaan 100 salinan RNA. /mL.ml) 19.
Panaliten iki duwe sawetara watesan: pisanan, kita ora duwe metode standar / referensi [kayata viral load utawa tes laboratorium liyane (LDA)] amarga kekurangan sumber daya.Kapindho, kabeh spesimen sing digunakake ing panliten iki yaiku swab nasopharyngeal, dene asile ora bisa ditrapake kanggo jinis spesimen liyane, lan katelu, ukuran sampel kita cilik.
Panaliten iki mbandhingake kinerja papat tes rRT-PCR kanggo SARS-CoV-2 nggunakake conto nasopharyngeal.Kabeh tes deteksi nduweni kinerja sing meh padha, kajaba tes Sansure Biotech. Kajaba iku, tingkat positipitas sing kurang diidentifikasi ing tes Sansure Biotech dibandhingake karo CRS (p <0.05). Kajaba iku, tingkat positipitas sing kurang diidentifikasi ing tes Sansure Biotech dibandhingake karo CRS (p <0.05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов saka сравнению с CRS (p < 0,05). Kajaba iku, tes Sansure Biotech nuduhake persentase asil positif sing kurang dibandhingake karo CRS (p <0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05). Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов saka сравнению с CRS (p < 0,05). Kajaba iku, tes Sansure Biotech duwe tingkat positipitas sing luwih murah dibandhingake karo CRS (p <0.05).Analisis Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) saka PPA, NPA lan persetujuan sakabèhé ngluwihi 93,5% kanthi nilai persetujuan Cohen Kappa 0,925.Pungkasan, Sansure Biotech Assay (RUO) mbutuhake validasi luwih lanjut kanggo digunakake ing Ethiopia, lan riset tambahan kudu dianggep kanggo ngevaluasi klaim saka manufaktur individu.
Desain studi komparatif ditindakake ing papat fasilitas kesehatan ing Addis Ababa, Rumah Sakit Eka Kotebe, Pusat Perawatan Gereja Millennium, Rumah Sakit Memorial Zewooditu, lan Rumah Sakit Spesialis Tuberkulosis St. Peter.Data kasebut dikumpulake ing antarane tanggal 1 nganti 31 Desember 2020. Fasilitas medis kanggo panliten iki dipilih kanthi sengaja adhedhasar jumlah kasus sing akeh lan kasedhiyan pusat perawatan utama ing kutha kasebut.Kajaba iku, instrumen, kalebu instrumen PCR wektu nyata ABI 7500 lan Abbott m2000, dipilih miturut rekomendasi saka produsen reagen NAAT, lan papat kit deteksi PCR dipilih kanggo panliten iki, amarga umume laboratorium ing Ethiopia nggunakake paling ora. papat mau.Tes gen, tes Abbott SARS-CoV-2, tes Sansure Biotech, lan tes BGI SARS-CoV-2 sing ditindakake sajrone sinau).
Tes kanggo SARS-CoV-2 ditindakake wiwit tanggal 1 nganti 30 Desember 2020 nggunakake 3 ml Viral Transport Medium (VTM) (Teknologi Miraclean, Shenzhen, China) saka individu sing diselidiki kanggo COVID-19 sing diarani EPHI.Sampel nasopharyngeal diklumpukake dening kolektor sampel sing dilatih lan dikirim menyang EPHI ing paket telung.Sadurunge isolasi asam nukleat, saben sampel diwenehi nomer identifikasi unik.Ekstraksi dileksanakake saka saben sampel langsung sawise tekan nggunakake cara ekstraksi manual lan otomatis.Mangkono, kanggo ekstraksi otomatis Abbott m2000, 1,3 ml (kalebu volume mati 0,8 ml lan volume inlet ekstraksi 0,5 ml) saka sampel diekstrak saka saben sampel lan liwati Sistem Preparasi Sampel Abbott DNA (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, USA).) Kumpulan 96 [92 conto, loro kontrol deteksi lan loro kontrol non-template (NTC)] kalebu ing proses sakabèhé (pengambilan lan deteksi) rong puteran SARS-CoV-2 (EUA) ing wektu nyata.pertambangan.Kajaba iku, kanggo ekstraksi manual, gunakake conto sing padha (kanggo ekstraksi lan panemuan otomatis).Mangkono, sajrone proses kasebut, 140 µl conto diekstrak lan diekstrak nggunakake QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Jerman) ing batch 24 (kalebu 20 conto, loro kontrol assay lan loro NTC) sajrone sangang babak.eluates sing diekstrak kanthi manual digedhekake lan dideteksi nggunakake siklus termal ABI 7500 nggunakake uji BGI SARS-CoV-2, uji Daan Gene, lan uji Bioteknologi Sansure.
Isolasi otomatis lan pemurnian RNA virus SARS-CoV-2 ngetutake prinsip manik magnetik nggunakake reagen persiapan sampel DNA Abbott.Inaktivasi sampel lan solubilisasi partikel virus ditindakake kanthi nggunakake deterjen sing ngemot guanidine isothiocyanate kanggo denaturasi protein lan mateni RNase.RNA banjur dipisahake saka protein kanthi pamisahan fase padhet nggunakake silika, yaiku uyah guanidinium lan pH basa saka buffer lisis ningkatake ikatan asam nukleat menyang silika (SiO2).Langkah mbilas mbusak protein lan lebu sing isih ana kanggo ngasilake solusi sing cetha.RNA transparan diisolasi saka mikropartikel basis silika nggunakake medan magnet instrumen20,21.Ing sisih liya, isolasi manual lan pemurnian RNA ditindakake kanthi metode kolom spin nggunakake centrifugation tinimbang stand magnetik lan pamisahan mikropartikel saka eluen.
Tes Deteksi SARS-CoV-2 Wektu Nyata Abbott (Abbott Molecular, Inc.) ditindakake miturut pandhuan pabrikan, sing nampa EUA19,22 saka WHO lan FDA.Ing protokol iki, inaktivasi sampel sadurunge ekstraksi ditindakake ing adus banyu kanthi suhu 56 ° C suwene 30 menit.Sawise inaktivasi virus, ekstraksi asam nukleat ditindakake ing instrumen Abbott m2000 SP saka 0,5 ml VTM nggunakake sistem persiapan sampel DNA Abbott m2000.miturut pabrikan.Amplifikasi lan deteksi ditindakake nggunakake instrumen Abbott m2000 RT-PCR, lan deteksi dual ditindakake kanggo gen RdRp lan N.ROX) lan VIC P (pewarna proprietary) kanggo nargetake lan deteksi kontrol internal, ngidini deteksi simultan saka loro produk amplifikasi 19 .
Cara deteksi amplifikasi kit iki adhedhasar teknologi RT-PCR siji-langkah.Gen ORF1a/b lan N dipilih minangka wilayah konservasi dening Teknologi Gene Daan kanggo ndeteksi amplifikasi wilayah target.Primer khusus lan probe fluoresensi (probe gen N sing dilabel FAM, probe ORF1a/b sing dilabel VIC) wis dirancang kanggo ndeteksi RNA SARS-CoV-2 ing conto.Campuran eluen pungkasan lan master disiapake kanthi nambahake 5 µl eluen menyang 20 µl campuran master nganti volume pungkasan 25 µl.Amplifikasi lan deteksi ditindakake bebarengan ing instrumen PCR wektu nyata ABI 750024.
Gen ORF1a/b lan N dideteksi nggunakake Kit Diagnostik Asam Nukleat Sansure Biotech nCoV-2019 (deteksi PCR neon).Siapke probe tartamtu kanggo saben gen target kanthi milih saluran FAM kanggo wilayah ORF1a / b lan saluran ROX kanggo gen N.Kanggo kit uji iki, reagen campuran eluen lan master ditambahake kaya ing ngisor iki: nyiyapake 30 µl reagen campuran master lan 20 µl sampel elusi kanggo deteksi / amplifikasi.PCR ABI 750025 wektu nyata digunakake kanggo amplifikasi / deteksi.
Tes SARS-CoV-2 BGI minangka kit rRT-PCR fluoresensi nyata-wektu kanggo diagnosis COVID-19.Wilayah target dumunung ing wilayah ORF1a/b saka genom SARS-CoV-2, yaiku metode deteksi gen tunggal.Kajaba iku, gen housekeeping manungsa β-aktin minangka gen target sing diatur sacara internal.Campuran induk disiapake kanthi nyampur 20 µl reagen campuran master lan 10 µl sampel RNA sing diekstrak ing piring sumur26.Instrumen PCR wektu nyata kuantitatif fluoresensi ABI 7500 digunakake kanggo amplifikasi lan deteksi.Kabeh amplifikasi asam nukleat, kondisi roto PCR kanggo saben assay, lan interpretasi asil dileksanakake miturut instruksi pabrikan (Tabel 3).
Ing analisis komparatif iki, kita ora nggunakake metode standar referensi kanggo nemtokake persetujuan persen (positif, negatif, lan sakabèhé) lan paramèter perbandingan liyane kanggo papat analisis.Saben comparison test rampung karo CRS, ing panaliten iki CRS disetel dening aturan "positif sembarang" lan asil ditemtokake, ora dening test siji, kita nggunakake paling loro asil test cocog.Kajaba iku, ing kasus transmisi COVID-19, asil negatif palsu luwih mbebayani tinimbang asil positif palsu.Mula, kanggo ngucapake "positif" kanthi akurat saka asil CRS, paling ora rong tes tes kudu positif, tegese paling ora ana asil positif sing bakal teka saka tes EUA.Dadi, saka papat asil tes, loro utawa luwih asil tes sing menehi asil sing padha dianggep bener positif utawa negatif18,27.
Data dikumpulake nggunakake formulir ekstraksi data terstruktur, entri lan analisis data nggunakake piranti lunak statistik Excel lan SPSS versi 23.0 kanggo statistik deskriptif.Persetujuan persen positif, negatif, lan sakabèhé dianalisis, lan skor Kappa digunakake kanggo nemtokake tingkat persetujuan saben metode karo CRS.Nilai Kappa diinterpretasikake kaya ing ngisor iki: 0,01 nganti 0,20 kanggo persetujuan entheng, 0,21 nganti 0,40 kanggo persetujuan umum, 0,41-0,60 kanggo persetujuan moderat, 0,61-0,80 kanggo persetujuan utama lan 0,81-0,99 kanggo persetujuan lengkap28.
Reresik etis dipikolehi saka Universitas Addis Ababa lan kabeh protokol eksperimen kanggo panliten iki disetujoni dening Dewan Tinjauan Etika Ilmiah Institut Kesehatan Masyarakat Ethiopia.Nomer referensi kanggo Lisensi Etika EPHI yaiku EPHI/IRB-279-2020.Kabeh cara ditrapake miturut rekomendasi lan pranata Pedoman Komprehensif Nasional Ethiopia kanggo Perawatan COVID-19.Kajaba iku, informed consent ditulis ditampa saka kabeh peserta sinau sadurunge partisipasi ing sinau.
Kabeh data sing dipikolehi utawa dianalisis ing panliten iki kalebu ing artikel sing diterbitake iki.Data sing ndhukung asil panaliten iki kasedhiya saka penulis sing ana ing panyuwunan sing cukup.
Organisasi Kesehatan Donya.Rekomendasi kanggo Strategi Pengujian Laboratorium kanggo COVID-19: Pandhuan Interim, 21 Maret 2020 No. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 diagnosis cerdas ing Departemen Darurat: Kabeh-in Praktek. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 diagnosis cerdas ing Departemen Darurat: Kabeh-in Praktek.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. lan Gurgulianis, KI Intelligent diagnosis COVID-19 ing departemen darurat: kabeh ing laku.Muliou DS, Pantazopoulos I. lan Gurgulyanis KI Diagnosis cerdas COVID-19 ing departemen darurat: integrasi end-to-end ing praktik.Ahli Reverend Respire.obat.3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Evaluasi COVID19 ID SAIKI EUA assay. Mitchell, SL & St George, K. Evaluasi COVID19 ID SAIKI EUA assay.Mitchell, SL lan St. George, K. Evaluasi COVID19 ID SAIKI EUA assay.Mitchell SL lan St. George K. Evaluasi saka COVID19 ID NOW EUA assay.J. Klinis.Virus.128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO.Deteksi laboratorium penyakit koronavirus 2019 (COVID-19) ing penyakit manungsa sing dicurigai.https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (diakses 15 Agustus 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al.Diagnosis COVID-19: Penyakit lan Alat Tes.ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al.Pembentukan College of Pathologists Afrika Timur, Tengah lan Kidul - Sekolah Patologi Daerah Timur Tengah lan Afrika Kidul.Afrika.J. Lab.obat.9(1), 1-8 (2020).
Institut Kesehatan Masyarakat Ethiopia, Departemen Kesehatan Federal.Strategi Nasional Interim lan Pandhuan kanggo Diagnosis Laboratorium COVID-19.https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (diakses 12 Agustus 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Tes negatif palsu kanggo tantangan lan implikasi infeksi SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Tes negatif palsu kanggo tantangan lan implikasi infeksi SARS-CoV-2.Voloshin S., Patel N. lan Kesselheim AS Tes palsu-negatif kanggo infeksi SARS-CoV-2 lan akibate.Voloshin S., Patel N. lan Kesselheim AS Tes palsu-negatif kanggo provokasi lan dampak infeksi SARS-CoV-2.N. ing.J. Kedokteran.383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Kasus COVID-19 positif palsu lan negatif palsu: Strategi pencegahan lan manajemen pernapasan, vaksinasi, lan perspektif liyane. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Kasus COVID-19 positif palsu lan negatif palsu: Strategi pencegahan lan manajemen pernapasan, vaksinasi, lan perspektif liyane. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика и стратегии, леипикници Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Kasus positif lan negatif palsu saka COVID-19: strategi pencegahan lan perawatan pernapasan, vaksinasi lan cara maju.Muliu, DS lan Gurgulianis, KI Kasus positif palsu lan negatif palsu saka COVID-19: strategi kanggo nyegah lan perawatan ambegan, vaksinasi lan cara maju.Ahli Reverend Respire.obat.15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnosis COVID-19 ing departemen darurat: Ndeleng wit nanging ilang alas. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnosis COVID-19 ing departemen darurat: Ndeleng wit nanging ilang alas.Mouliou, DS, Ioannis, P. lan Konstantinos, G. Diagnosis COVID-19 ing Departemen Darurat: Deleng Wit, Ilang Alas.Muliou DS, Ioannis P., lan Konstantinos G. Diagnosis COVID-19 ing Kamar Darurat: Alas Ora Cukup kanggo Wit.Katon.obat.J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al.Validasi lan Validasi Kinerja Analitis lan Klinis Abbott RealTime SARS-CoV-2 Assay.J. Klinis.Virus.129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Comparison five primer sets from different génom region of COVID-19 for detection of virus infection by conventional RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Perbandingan limang set primer saka macem-macem wilayah genom COVID-19 kanggo deteksi infeksi virus kanthi RT-PCR konvensional.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. lan Aflatunyan, B. Perbandingan limang set primer saka macem-macem wilayah genom COVID-19 kanggo deteksi infeksi virus kanthi RT-PCR konvensional. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19 不同基因组区域的五个引物物个引物物科 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Perbandingan 5 wilayah genetik COVID-19 sing beda kanggo deteksi infeksi virus kanthi RT-PCR konvensional.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. lan Aflatunyan B. Perbandingan limang set primer saka macem-macem wilayah genom COVID-19 kanggo deteksi infeksi virus kanthi RT-PCR konvensional.Iran.J. Mikrobiologi.12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al.Asil awal program penilaian kualitas eksternal nasional kanggo deteksi urutan genom SARS-CoV-2.J. Klinis.Virus.129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al.Evaluasi Analitik Khasiat Lima Kit RT-PCR kanggo Sindrom Pernafasan Akut Parah Coronavirus 2. J. Klinis.laboratorium.anus.35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al.Evaluasi pitu kit deteksi RNA SARS-CoV-2 sing kasedhiya ing China adhedhasar reaksi rantai polimerase (PCR) wektu nyata.klinis.Kimia.laboratorium.obat.58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al.Perbandingan pitung kit diagnostik RT-PCR COVID-19 komersial.J. Klinis.Virus.128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al.Perbandingan kinerja diagnostik rong kit PCR kanggo deteksi asam nukleat SARS-CoV-2.J. Klinis.laboratorium.anus.34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, lan sapiturute. Panaliten komparatif saka papat platform tes amplifikasi asam nukleat (NAAT) SARS-CoV-2 nuduhake manawa kinerja ID SAIKI mudhun kanthi signifikan gumantung saka pasien lan jinis sampel.diagnosa.mikrobiologi.Infèksi.diss.99(1), 115200 (2021).
Molekul Abbott.Sisipan paket analisis SARS-CoV-2 wektu nyata Abbott.https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay.1-12.(Ing 10 Agustus 2020) (2020).
Klein, S. et al.Isolasi RNA SARS-CoV-2 nggunakake manik magnetik kanggo deteksi skala gedhe kanthi cepet dening RT-qPCR lan RT-LAMP.Virus 12(8), 863 (2020).