Kinerja papat amplifikasi asam nuklir kanggo ngenali SARS-Cov-2 ing Ethiopia

Matur nuwun kanggo Visiting Nature.com. Sampeyan nggunakake versi browser kanthi dhukungan CSS sing diwatesi. Kanggo pengalaman sing paling apik, disaranake sampeyan nggunakake mode Compatibily Browser (utawa Pateni ing Internet Explorer). Kajaba iku, kanggo njamin dhukungan, kita nuduhake situs tanpa gaya lan javascript.
Nampilake carousel saka telung slide sekaligus. Gunakake tombol sadurunge lan sabanjure kanggo mindhah telung slide sekaligus, utawa gunakake tombol slider ing pungkasan kanggo mindhah telung slide sekaligus.
Wiwit wabah coronavirus 2019 2019, akeh tes amplian asam nuklélat komersial (naats) wis dikembangake ing saindenging jagad lan dadi pitulung standar. Sanajan sawetara tes wis cepet dikembangake lan ditrapake kanggo tes diagnostik laboratorium, kinerja tes kasebut durung dievaluasi ing macem-macem setelan. Mula, panaliten iki dituju kanggo ngevaluasi kinerja Abbott Sars-Cov-2, Daan Gene, BGI, lan Assay biotech sansure nggunakake standar referensi komposit (Crs). Panaliten kasebut ditindakake ing Institut Kesehatan Umum Ethiopian (EPH) saka 1 nganti 30 Desember 2020. 164 Sampel Nasopharyngeal sing dijupuk nganggo kit Qiaamp RNA Mini lan sistem persiapan sample Abbott DNA. Saka 164 spesimen, 59,1% positif lan 40,9% negatif kanggo CRS. Positivitas biotech sansure apik banget dibandhingake karo CRS (P <0,05). Positivitas biotech sansure apik banget dibandhingake karo CRS (P <0,05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). Asil positif Sansure Biotech luwih suda dibandhingake karo CRS (P <0,05).与 CRS, Biotech 的 阳性率显着较低 (P <0.05).与 CRS, Biotech 的 阳性率显着较低 (P <0.05). У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech luwih sithik luwih sithik dibandhingake CRS (P <0,05).Persetujuan sakabèhé papat analisa yaiku 96.3-100% dibandhingake karo CRS. Saliyane tingkat positivitas rendah saka assay sansurs, kinerja papat assay meh bisa dibandhingake. Kaya sing diarani biotech sansure (riset mung (ruo)] Assay mbutuhake validasi tambahan kanggo panggunaan ing Ethiopia. Pungkasan, riset tambahan kudu dianggep kanggo ngevaluasi prelu karo tuntutan pabrikan sing cocog.
Tes laboratorium minangka bagean saka strategis strategis kanggo penyakit Coronavirus 2019 (COVID-19) siyap lan tanggapan (SPRRP). Sapa sing menehi pitunjuk manawa negara-negara kudu mbangun kapasitas laboratorium kanggo nambah persiapan, manajemen kasus sing tepat, lan waspas lan nanggepi kanthi cepet kanggo tantangan kesehatan. Iki nuduhake manawa peran laboratorium minangka kunci kanggo negesake penyakit lan epidemiologi agen infèksius sing berkembang lan ngontrol nyebar.
Diagnosis saka KovIDI - yen informasi epidemiologis lan medis, gejala pribadi / pratandha, lan data radiografi. Wiwit wabah COVID-19 dilaporake ing Wuhan, China, akeh tes ampliat asam nuklélik komersial (Naats) wis dikembangake ing saindenging jagad. Reaksi chain reaksi nyata-wektu Transkripsi (RRT-PCR) wis digunakake minangka rutinitas lan cara standar kanggo diagnosis laboratoriatory 2 (SARS-Cov-2) 3) 3 infeksi. Deteksi molekul saka SARS-Cov-2 biasane adhedhasar ing N (NukleocapsiD Gen Gen), lan Gen Protein RRA), lan RNA RNA RNA PolymerLe Gen) ing Orf1A / B (Bukak Bebungah RSAP 1A / B). Wilayah) sing wis dikenal saka genom virus. Dheweke dianggep minangka wilayah sing dilengkapi utama sing ditemokake ing genom virus kanggo pangenalan virus. Antarane gen, gen RDRP lan e duwe sensitivitas deteksi analitis dhuwur, dene N Gene duwe sensitivitas analitis sing kurang.
Kinerja Assays PCR bisa beda-beda gumantung karo macem-macem faktor kayata: Reagents ekstraksi, amplification / deteksi / reagen, metode ekstraksi, kualitas mesin PCR lan instrumen liyane. Ing wulan April 2020, luwih saka 48 piranti diagnostik beda saka sangang negara wis nampa diagnosik darurat darurat (EUA) kanggo diagnosa. Ing Ethiopia, luwih saka 14 platform PCR nyata-wektu digunakake kanggo deteksi PCR saka SARS-Cov-2 ing 26 institusi kesehatan umum, kalebu ABBTTY M2000, Roch 48000 lan STUDI7. Kajaba iku, macem-macem kit Tes PCR kasedhiya, kayata Test Gene Daan, test Abbott Sars-Cov-2, tes biotech sansure, lan SARS-Cov-2 BGG Tes. Sanajan PCR-RRT sensitif banget, sawetara pasien sing duwe asil negatif amarga ora nyalin asam virus virus (RNA) sing ora cukup ing conto, transportasi, panyimpenan, lan nangani laboratorium. kahanan lan tumindak personel8. Kajaba iku, sampel utawa ngontrol Mishandling, setelan siklus (CT), lan silang silang karo asam nuklir patogen liyane utawa SARS Cov-2 sing ora aktif / residual / residual RNA liyane bisa nyebabake asil positif palsu ing Assay RT-PCR9. Dadi, jelas yen tes PCR bisa ngenali operator fragmen gen, amarga ora bisa mbedakake antarane gen virus sing bener, saéngga tes mung bisa ngerteni operator lan ora pasien. Mula, penting kanggo ngevaluasi kinerja diagnostik kanthi nggunakake cara standar ing setelan kita. Sanajan akeh reagen naat kasedhiya ing Institut Kesehatan Umum Ethiopian (EPH) lan ing saindenging negara, ora ana evaluasi komparatif sing efektifitas isih dilaporake. Mula, panaliten iki dituju kanggo ngevaluasi kinerja komparatif saka kit sing kasedhiya kit kanggo deteksi SARS-Cov-2 dening RRT-PCR nggunakake spesimen klinis.
Gunggunge 164 peserta karo colvid sing disyaki dicenthang ing panaliten iki. Mayoritas conto saka pusat perawatan (118/164 = 78%), dene peserta 46 isih ana saka pusat perawatan perawatan. Antarane peserta sing ora dirawat ing tengah, 15 (9,1%) duwe kasus sacara klinis lan 31 (18,9%) duwe kontak saka kasus sing wis dikonfirmasi. Sembilan puluh telu (56,7%) yaiku umur lanang, lan tegese (± sd) saka peserta yaiku 31,10 (± 11.82) taun.
Ing panaliten kasebut, positif lan negatif saka papat tes kanggo kopid-19 wis ditemtokake. Mangkono, tarif positif saka Abbott Sars-Cov-2, Daan Gene 2019, SARS-Cov-2 BGI Assay, lan Assay Sansure yaiku 59,1%, 58.5% lan 55.5%. Standar referensi positif lan negatif (CR) ana 97 (59,1%) lan 67 (40,9%), masing-masing (Tabel 1). Ing panliten iki, definisi CRS adhedhasar aturan "Sembarang Positif", ing endi asil tes loro, loro utawa luwih tes asil sing menehi asil sing padha utawa negatif.
Ing panliten iki, kita nemokake perjanjian persentase negatif (NPA) 100% (95% CI 94.6-100) kanggo kabeh analisa dibandhingake karo Crs. Analisis bioteknologi sansure nuduhake PPA minimal 93.8% (95% Ci 87.2-97.1) lan analisis Daan Gen 2019-NCOV duwe persetujuan sakabehe 99,4% (95% CI 96.6-99.9). Beda, persetujuan sakabehe antarane BGI Assay lan Assay Sansure Biotech 2019-NCOV yaiku 98,8% lan 96,3%, masing-masing (Tabel 2).
Koofinitas perjanjian Cohen's Kappa ing antarane asil Assay CRS lan Abbott Sars-Cov-2 wis konsisten (K = 1.00). Kajaba iku, nilai Kappa Cohen dideteksi dening Daan Gen 2019-NCOV, SARS-Cov-2 BGI, lan Sansure Biotech 2019-NCOV uga konsisten karo CRS (K ≥ 0.925). Ing analisis komparatif iki, tes Chi -egi (tes McNemar) nuduhake asil assay sansure biotech 2019-NCOV beda karo asil CRS (P = 0,031) (Tabel 2).
Kaya sing dituduhake ing Gambar.1 the percentage of lowest Ct value (< 20 Ct) of Abbott SARS-CoV-2 assay (combined RdRp and N gene) was 87.6% and ORF1a/b gene Ct value of Sansure Biotech 2019-nCoV assay showed that the percentage of low Ct value (< 20 Ct) was 50.3% and the high Ct value (36–40 Ct) was 3.2%. 1 the percentage of lowest Ct value (< 20 Ct) of Abbott SARS-CoV-2 assay (combined RdRp and N gene) was 87.6% and ORF1a/b gene Ct value of Sansure Biotech 2019-nCoV assay showed that the percentage of low Ct value (< 20 Ct) was 50.3% and the high Ct value (36–40 Ct) was 3.2%.Kaya sing dituduhake ing Gambar.1, Процент наименьшшшшшшшшишего значения CT (<20 CT) Аналииа ABBOTT SARS-COV-2 (Комбинированнывил 87,6%, lan CT гена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, а высокое значение Ct (36–40 Ct) составляло 3,2%. 1, persentase nilai CT paling murah (<20 CT) analisis Abbott Sars-Cov-2 (gabungan Gene RRDRP lan NCOV nuduhake 50,3%, lan nilai CT) kira-kira 3,2-40 CT) kira-kira 3,2-40 CT).如图 1 所示, Abbott Sars-Cov-2 检测 (结合 rdrp 和 n 基因) 的 最低 ct 的 (<20 ct) 的9-%, 高 50,3%, (36-40 CT)的 百分比为 3.2%. Kaya sing ditampilake ing Gambar 1, Persentase Nilai CT paling murah (<20 CT) tes Abbott Sars-CV-2 (kombinasi tes Sansure Biotech 2019 的 EVERSE (36%, 高 CT 的 (3,3-40 CT) 的 Persentase 3,2%. Как показано на Рисунке 1, lan liyane-2) иены rrdrp иначе самое самое самое самое самк иначение CT (<20 CT) 87,6%, аначение CT гена Orf1A / b в всследовании Sansure Bietech 2019- Sampeyanзал покалкий CT. Kaya sing ditampilake ing Gambar 1, Abbott Sars-Cov-2 Assay (nggabungake gen sing paling murah lan nilai CT NCE (<20 CT) ing 87.6%, nalika nCOV nuduhake CT sing kurang. Процент значений (<20 CT) (<20 CT) lan 502%, banjur klik 3,3-40 CT) составил 3,2%. Persentase nilai (<20 CT) yaiku 50,3%, lan persentase persentase saka nilai CT High (36-40 CT) ana 3,2%.Test Abbott Sars-Cov-2 B sing nyathet nilai CT ing ndhuwur 30 taun. Ing tangan liyane, ing BGI Sars-Cov-2 Assay Orf1A / B Gene duwe nilai CT High (> 36 CT) nomer 4% (1 Fig.). Ing tangan liyane, ing BGI Sars-Cov-2 Assay Orf1A / B Gene duwe nilai CT High (> 36 CT) nomer 4% (1 Fig.). С другой стороны, Внализе BGI SARS-COV-COV-2 ген Orf1A / B имел Высокое значение CT (> 36 CT), процент Вначение CT (> роцент Вначение CT (> Рtionсрасрасостогоо рфотогрокое взначение Ing tangan liyane, ing analisis BGI SARS-2 gen orf1a / b duwe nilai CT dhuwur (> 36 CT), persentase sing ana 4% (1 Fig.).另一方面, 在 BGI SARS-Cov-2 检测中, orf1A / b 基因具有高 CT 值 (> 36 CT) 的 的 4% (图 1). Ing tangan liyane, ing deteksi BGI SARS-Cov-2, persentase gen orf1A / b kanthi nilai CT High (> 36 CT) yaiku 4% (Gambar 1). С другой стороны, Внализе BGI SARS-COV-COV-COV-2 ONноцент генов Orf1a / B соцент генов Orfими гначения CT (> Рис. 1). Ing tangan liyane, ing analisa BGI SARS-Cov-2, persentase gen orf1A / b kanthi nilai CT dhuwur (> 36 CT) ana 4% (1 Fig.).
Ing panaliten iki, kita njupuk 164 conto nasofargeal. Kanggo kabeh jinis Assays, rna isolasi lan amplifikasi ditindakake kanthi nggunakake cara lan kit sing disaranake dening manufaktur pamirsa.
Panaliten iki nuduhake manawa tes Abbott kanggo SARS-Cov-2 nduweni kinerja deteksi sing padha karo CRS, kanthi 100% positif, negatif, lan konflik. Kesepakatan Kappa Cohen yaiku 1,00, nuduhake kesepakatan lengkap karo Crs. Panaliten sing padha dening Universitas Washington ing AS nemokake manawa sensitivitas lan spesifik saka Tes Abbott kanggo SARS-Cov-2 yaiku 93% lan 100%, dibandhingake karo laboratorium-CDC. 11. Sistem deteksi Abbott Sars-2 adhedhasar deteksi gabungan saka N lan RDRP Gen, kaya loro gen luwih sensitif, minimalake negatif112. Pasinaon ing Wina, Austria uga nuduhake volume sampel ekstraksi ekstraksi lan deteksi efek cemara sing dikerangi kanthi lan efisiensi deteksi tambah tambah. Mangkono, pertandhingan Abbott sing sampurna kanggo assay Sars-Cov-2 bisa digandhengake karo sistem deteksi platform sing serep ndeteksi gen, 0,5 ml), lan nggunakake jumlah sing akeh (40 μL).
Asil kita uga nuduhake yen tes deteksi tes Daan genetik meh padha karo CRS. Iki konsisten karo sinau14 sing ditindakake ing Universitas Anhui ing Huinan, China, lan tuntutan pabrikan 100% kesepakatan positif 100%. Sanajan laporan asil sing konsisten, siji conto negatif sawise nindhes, nanging positif ing Abbott Sars-Cov-2 lan Sansure Biotech NCOV-2019. Iki nuduhake manawa bisa uga ana variabel asil ing macem-macem jinis assay. Nanging, ing panaliten sing ditindakake ing China15, asil saka Assay Daan Gene dianggep beda banget (P <0.05) dibandhingake karo referensi sing ditetepake referensi. Nanging, ing panaliten sing ditindakake ing China15, asil saka Assay Daan Gene dianggep beda banget (P <0.05) dibandhingake karo referensi sing ditetepake referensi. Тем не медовании, проведеном в Китаеденом в Анальтат Аналитат Аналииза Daan Gene значителся (P <0,05) ing Теличался эталонного Анализа. Nanging, ing panaliten ing China15, asil analisis Daan gene bisa beda banget (P <0,05) saka analisis referensi laboratorium.然而, 上 的 研究中 15, 大安基因检测 的 结果与其实验室定义 的 参考检测相比有显着差异 (p <0.05).然而, 在中国进行 的 研究中 15, 大安基因检测 的 结果与其实验室定义 的 参考检测相比有显着差 <0.05 Однако в сдедовании, Питаеденом в Кезультаты генетаты генеты генеты генеты генеты генеты генеты генеты геста Daan теста Daan тначитесеомо Отличьно Отличьно Отличьно отличались (P <0,05) по Его эталоным лабораторным тестом. Nanging, ing panaliten ing China15, asil saka tes genetik Daan beda beda (P <0.05) dibandhingake tes laboratorium referensi.Discepanci iki bisa uga amarga sensitivitas tes referensi kanggo ndeteksi SARS-Cov-2, lan sinau luwih penting kanggo nemtokake sababe.
Kajaba iku, panaliten ngevaluasi kinerja komparator saka SARS-Cov-2 BGI karo CRS, nuduhake Persetujuan Persentase Positif (PPA = 97,9%), Perjanjian Persentase Negatif (OPA). ). = 98.8%). Nilai Kappa Cohen nuduhake persetujuan apik (K = 0.975). Pasinaon ing Walanda16 lan China15 nuduhake asil sing konsisten. Tes SARS-Cov-2 BGI minangka uji coba deteksi tunggal (orf1A / b) nggunakake 10 amplifikasi 10 μL / deteksi sing ditindakake. Sanajan perjanjian statistik sing apik karo asil referensi, analisis ora kejawab rong conto positif (1,22%) saka total sampel. Iki bisa duwe implikasi klinis sing gedhe kanggo dinamika transmisi ing tingkat pasien lan komunitas.
Analisis komparatif liyane sing kalebu ing panliten iki yaiku Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO); Persentase match sakabèhé yaiku 96,3%. Kekuwatan perjanjian uga ditemtokake dening nilai Cohen's Kappa, yaiku 0.925, nuduhake kesepakatan lengkap karo Crs. Maneh, asil kita padha karo panliten sing ditindakake ing Universitas South Central ing Changsha, China, lan ing Departemen Laboratorium Kliniks Rumah Sakit Laboratorium Laboratorium, kutha Liuzhou, China17. Sanajan concordance statistik sing apik ing ndhuwur direkam, tes Chi-Square (tes Macnemar) nuduhake manawa asil saka Assay Sansur Biotech wis duwe prabédan signifikan statistik dibandhingake karo CRS (P <0.005). Sanajan concordance statistik sing apik ing ndhuwur direkam, tes Chi-Square (tes Macnemar) nuduhake manawa asil saka Assay Sansur Biotech wis duwe prabédan signifikan statistik dibandhingake karo CRS (P <0.005). Несм kép Макрара) показал, klik, klik Sansure Biotechе иНелимое раначимое значимое знавнение по сравнению с Crs (p <0,005). Sanajan kesepakatan statistik sing apik ing ndhuwur direkam, tes Chi-squar (tes McNemar) nuduhake manawa asil saka Assay Sansure Biotech duwe prabédan signifikan kanthi statistik dibandhingake karo CRS (P <0.005).尽管记录了上述良好 的 统计一致性, 但卡方检验 (macnemar 检验) 表明, sansure biotech 检测 的 结果与 crs 相比具有统计学显着差异 (p <0.005).尽管 记录 了了 良好 统计 统计 统计, 但但 ((macneming) ,, sansure biotech 检测检测 与 CRS 相比相比 显着 ((p <0.005 ...............))))))) Несмотря на отмеченное Выше значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech и CRS. Sanajan Persetujuan Statistik sing apik dicathet ing ndhuwur, tes Chi-Square (tes McNemar) nuduhake prabédan statistik (P <0.005) ing antarane antarane assay biotech sansure lan crs.Enem conto (3.66%) ditemokake minangka negatives palsu dibandhingake karo CRS (Tabel Tambahan 1); Iki penting banget, utamane diwenehi dinamika transmisi virus. Data ing ndhuwur uga ndhukung tingkat deteksi ngisor iki.
Ing panliten iki, nilai CT ditemtokake kanggo saben platform saben atay lan nilai sing paling murah babagan CT CT sing dilaporake ing Abbott Sars-Cov-2 assay. Asil iki bisa uga ana hubungane karo sistem tes genetik genetik genetik Abbott sing ganen kanggo deteksi SARS-Cov-2. Mula, miturut tokoh 1, 87.6% asil Abbott Sars-Cov-2 duwe nilai CT ing ngisor 20. Mung sawetara asil conto (12,4%) ana ing sawetara 20-30. Nilai CT ing ndhuwur 30 ora kacathet. Saliyane panggunaan Format SARS-Cov-2 SARS-Cov-2, asil iki bisa uga ana hubungane karo watesan deteksi ngisor (32.5 RNA Nopi (ML) 18, sing kaping telu luwih murah tinimbang watesan tambahan 100 RNA salinan 3. ml) 19.
Panaliten iki duwe watesan: sepisanan, kita ora duwe cara standar / referensi [kayata mbukak virus utawa tes laboratorium liyane (LDA)] amarga kekurangan sumber daya. Kapindho, kabeh spesimen sing digunakake ing panliten kasebut yaiku swab nasofaryngealyngealy, nalika asil ora ditrapake kanggo jinis spesimen liyane, lan nomer telu, ukuran sampel kita sithik.
Panaliten iki mbandhingake kinerja papat RRT-PCR kanggo SARS-Cov-2 nggunakake conto Nasopharyngeal. Kabeh wong sing duwe deteksi duwe kinerja meh kompatibel, kajaba mung Assay Biotech Sansure. Kejabi, tarif positivitas sing kurang dikenal ing Assay Sansu Biotech dibandhingake karo CRS (P <0,05). Kejabi, tarif positivitas sing kurang dikenal ing Assay Sansu Biotech dibandhingake karo CRS (P <0,05). Того, тесте sansure biotech былен пбиен пбиен полент полия по по 0 0,05). Kajaba iku, tes biotech sansure nuduhake persentase asil positif dibandhingake CRS (P <0,05).此外, 与 CRS 相比, biotech sansure 检测 的 阳性率较低 (p <0,05).此外, 与 CRS 相比, biotech sansure 检测 的 阳性率较低 (p <0,05). Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Kajaba iku, assay biotech sansure duwe tingkat positivitas sing luwih murah dibandhingake CRS (P <0,05).Analisis Sansure Biotech NCOV--2019 (RUO) PPA, NPA lan Persetujuan Sakabèhé ngluwihi 93.5% karo kekuwatan Cohen Kappa sing cocog karo 0.925. Pungkasan, Assay Biotech Sansure (Ruo) mbutuhake validasi luwih akeh kanggo nggunakake Ethiopia, lan riset tambahan kudu dianggep kanggo ngevaluasi tuntutan saka pabrikan individu.
Desain sinau komparatif ditindakake ing papat fasilitas kesehatan ing Rumah Sakit Emka Koteba, Pusat Perawatan Gereja Milenium, rumah sakit peringatan zewenu, lan rumah sakit ahli tuberkulosis St. Peter, lan rumah sakit undir uber. Data kasebut diklumpukake antara 1 Desember lan 31, 2020. Fasilitas medis kanggo panaliten iki kanthi sengaja milih adhedhasar kasus lan kasedhiyan pusat perawatan utama ing kutha kasebut. Kajaba iku, instrumen, kalebu ABL 7500 lan Abbott M2000 Instrumen PCR-Time-Time, dipilih miturut saran Produsen Reagent NAAT, lan papat laboratorium PC sing dipilih kanggo sinau iki, amarga umume laboratorium ing Ethiopia sing paling ora ana papat. Tes Gene, test Abbott Sars-Cov-2, tes biotech sansure, lan SARS-Cov-2 BGI tes sing ditindakake sajrone sinau).
Tes kanggo SARS-Cov-2 ditindakake saka 1 nganti 30 Desember 2020 Nggunakake 3 ml Medium Transportasi Medium (VTM) (VTM) (Miraclean Teknologi, Shenzhen, Shenzhen, China) saka individu sing diselidiki kanggo EPhi. Contoh Nasopharyngeal diklumpukake kanthi conto kolektor terlatih lan dikirim menyang EPhi kanthi bungkus triple. Sadurunge pamisahan asam nuklir, saben conto diwenehi nomer identifikasi unik. Extraction ditindakake saka saben sampel langsung nalika rawuh nggunakake cara ekstraksi otomatis lan otomatis. Mangkono, kanggo ekstraksi otomatis Abbott M2000, 1,3 ml (kalebu volume mati 0,8 ml utawa volume instal lsp ekstraksi Abbott (Abbott Molecular Inc. IL, USA). ) Ukuran 96 Pertambangan. Kajaba iku, kanggo ekstraksi manual, gunakake sampel sing padha (kanggo ekstraksi lan penemuan otomatis). Mangkono, sajrone proses, 140 conto conto sing padha karo Mini Rna (Hilden, Jerman) ing kumpul saka 24 (kalebu 20 kontrol Assay lan loro NTC) luwih saka sangang babak. Ekstrak kanthi manual dikuatake lan dideteksi nggunakake siklik termal ABi 7500 nggunakake SARS-Cov-2 BGI Assay, Assay Gene, lan Assay Biech Arsay.
Ngasingan otomatis lan pemurnian SARS-Cov-2 RNA nderek prinsip manik Magnetik kanthi nggunakake Abbott DNA Sampel Magot. Inactivation conto lan siretilisasi partikel virus ditindakake kanthi nggunakake bahan pencuci sing ngemot guanidine Isothiocyanate kanggo nolak protein lan ora aktif. RNA banjur dipisahake saka protein kanthi pemisahan fase sing solid nggunakake silika, yaiku Guanidinium uyah lan pH Guanidinium saka buffer lysis kanggo nalkah asam nuklir menyang silika (SiO2). Langkah rinsing mbusak protein lan lebu kanggo ngasilake solusi sing jelas. Transparan RNA diisolasi saka mikroperbles berbasis silika nggunakake lapangan Magnetik instrumen. Ing tangan liyane, pamisahan manual lan pemurnian RNA ditindakake dening metode kolom Spin nggunakake centrifugation tinimbang ngadeg magnet lan pamisah mikroperbopar.
Tes deteksi deteksi SARS-Cov-2 Abbott nyata, Inc.) ditindakake miturut pandhuane produsen, sing nampa eua19,22 saka sing lan FDA. Ing protokol iki, conto inaktivasi sadurunge ekstraksi ditindakake ing adus banyu ing 56 ° C 30 menit. Sawise inactivation virus, ekstraksi asam nukleik ditindakake ing instrumen abbott m2000 sp saka 0.5 ml vtm nggunakake sistem persiapan sample sample abbott m2000. Miturut pabrikan. Amplification lan deteksi ditindakake kanthi nggunakake instrumen ABBOTT M2000 RT-PCR, lan deteksi dual dileksanakake kanggo Genes RDRP lan N. Rox) lan Vic P (proprietari pewarna) kanggo target lan ndeteksi kontrol internal, saéngga deteksi bebarengan produk amplifikasi 19.
Metode deteksi Amplification Kit iki adhedhasar teknologi siji-langkah PCR. Gen Orf1A / B lan N dipilih minangka wilayah sing dilengkapi dening teknologi Daan Gene kanggo ndeteksi amplifikasi wilayah target. Primer lan probes neon (n gen sing diwenehi label karo Fam, Orf1a / b probes sing diwenehi label karo VIC) wis dirancang kanggo ndeteksi RNA SARS-Cov-2 ing conto. Campuran sing terakhir lan master sing disiapake kanthi nambah 5 engl kanggo 20 μL saka campuran master menyang volume 25 μL. Amplification lan deteksi ditindakake bebarengan ing instrumen PCR wektu nyata-wektu ABL 750024.
Gen Orf1A / B lan N dideteksi nggunakake kit diagnosa diagnosa nuklisi-2019 (deteksi PCR Fluorescent). Siapake probes spesifik kanggo saben target Gene kanthi milih Saluran Fam kanggo wilayah Orf1A / B lan saluran roks kanggo The Gene N Gene. Kanggo kit assay iki, reagen campuran sing ditambahake kaya ing ngisor iki: Siapke 30 30 μl Master Campur reagent lan 20 μL elegan kanggo deteksi / Amplifikasi. Nyata wektu PCR Abi 750025 digunakake kanggo amplification / deteksi.
Tes SARS-Cov-2 BGI yaiku kit RRT-PCR fluorescent kanggo diagnosis saka Covid-19. Wilayah target kasebut ana ing wilayah Orf1A / B Genamome Sars-Cov-2, yaiku cara deteksi gen. Kajaba iku, Gene Gen HouseKing Gen β-Accin minangka Gene Target Internal Internal. Campuran Master kasebut disiapake kanthi nyampur 20 μL saka master Campuran reagen lan 10 μL saka conto RNA sing dijupuk ing sulet26. Instrumen PCR-Time-Time-Time-Time Fluorditatif NEGRITTIVE-Time-Time Fluorditatif digunakake kanggo Amplification lan Deteksi. Kabeh amplifikasi asam nukleat, kahanan PCR kanggo saben assay, lan interpretasi asil ditindakake miturut instruksi masing-masing (Tabel 3).
Ing analisis komparatif iki, kita ora nggunakake cara referensi kanggo nemtokake persetujuan persen (positif, negatif, lan sakabehe) lan paramèter Comparison liyane kanggo papat analisa. Saben perbandingan tes ditindakake karo CRS, ing panaliten CRS iki disetel dening aturan "Sapa waé positif" lan asil kasebut ditemtokake saka asil tunggal, kita nggunakake rong asil tes sing cocog. Kajaba iku, ing kasus transmisi Case-19, asil negatif palsu luwih mbebayani tinimbang asil positif palsu. Mulane, kanggo ujar "positif" kanthi akurat saka asil CRS, paling ora rong tes assay kudu positif, tegese paling ora ana asil sing positif. Mangkono, saka patang asil tes, loro utawa luwih tes asil sing menehi asil sing padha dianggep bener utawa negatif18,27.
Data diklumpukake nggunakake formulir ekstraksi data sing terstruktur, entri data lan analisis ditindakake kanthi nggunakake piranti lunak statistik Excel lan versi SPSST 23.0 kanggo statistik deskriptif. Positif, negatif, lan persen persen umume dianalisa, lan skor Kappa digunakake kanggo nemtokake tingkat perjanjian saben metode karo Crs. Nilai Kappa dijelasake minangka nderek: 0,01 nganti 0,201 nganti 0,40 kanggo persetujuan umum, 0.41-0.80 kanggo Persetujuan Umum, 0,81-0.99 kanggo ngrampungake perjanjian lengkap28.
Reresik etika dipikolehi saka Universitas Addis Ababa lan kabeh protokol eksperimen kanggo panaliten iki disetujoni dening papan review Ethiopian / Health Institut Review Papan. Nomer referensi kanggo lisensi EPhi Ethics yaiku EPhi / IRB-279-2020. Kabeh cara ditrapake miturut rekomendasi lan ketentuan pedoman komprehensif Nasional Ethiopia kanggo perawatan saka KEVUSTEL-19. Kajaba iku, idin tinulis ditulis dipikolehi saka kabeh peserta sinau sadurunge partisipasi ing sinau.
Kabeh data sing dipikolehi utawa dianalisa ing panliten iki kalebu ing artikel kasebut. Data ndhukung asil panaliten iki kasedhiya saka penulis masing-masing kanthi panjaluk sing cukup.
Organisasi Kesehatan Donya. Rekomendasi kanggo strategi uji laboratorium kanggo COVID-19: Pandhuan interim, 21 Maret 2020 No.Ing / LAB_Testing / 2020.1 (Sapa, 2020). Sapa, 2020 (2020).
Mouliou, DS, pantzopoulos, I. & Gourgouli, Ki Covid-19 Smart Diagnosis ing departemen darurat: kabeh praktik. Mouliou, DS, pantzopoulos, I. & Gourgouli, Ki Covid-19 Smart Diagnosis ing departemen darurat: kabeh praktik.Muliou, DS, pantzopoulos, I. lan Gurgulianis, diagnosis KI cerdimen saka Ki CondoNosis saka KI ing Celludi-19 ing departemen darurat: kabeh praktik.Muliou DS, Pantozopoulos I. Lan Diagnosis Gurgulyan Ki cerdas saka Kovi-19 ing departemen darurat: Integrasi pungkasan ing praktik. Pakar nyembah maneh. obat. 3, 263-272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Evaluasi ID COVIDIS9 SAIKI EUA ASSAY. Mitchell, SL & St George, K. Evaluasi ID COVIDIS9 SAIKI EUA ASSAY.Mitchell, SL lan St George, K. Evaluasi ID COVIDIS9 saiki.Mitchell SL lan St. George K. Evaluasi ID COVIDID9 saiki. J. Clinical. Virus. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/J.JCV.2020.104429 (2020).
WHO. Deteksi laboratorium penyakit koronavirus 2019 (COVID-19) ing penyakit manungsa sing disyaki. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (diakses 15 Agustus 2020) (sing, 2020).
Udugama, B. et al. Diagnosis COVID-19: Penyakit lan alat tes. Acs Nano 14 (4), 3822-3835 (2020).
S. et al. Panyiapan College of patologists saka East, Tengah Afrika, Afrika - sekolah patologi patologi ing Timur Tengah lan Afrika Kidul. Afrika. J. Lab. obat. 9 (1), 1-8 (2020).
Institut Kesehatan Ethiopian, Kesehatan Kesehatan Etera, Kementrian Kesehatan Federal. Strategi lan tuntunan nasional kanggo diagnosis laboratorium saka Kodid-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid_eng.pdf (diakses 12 Agustus 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & kesselheim, minangka tes negatif palsu kanggo tantangan infeksi lan implikasi. Woloshin, S., Patel, N. & kesselheim, minangka tes negatif palsu kanggo tantangan infeksi lan implikasi.Voloshin S., Patel N. lan kessselheim minangka tes negatif kanggo infeksi SARS-Cov-2 lan konsekuensi.Voloshin S., Patel N. lan kessselheim minangka tes negatif kanggo provokasi lan pengaruh infeksi SARS-Cov-2. N. ENG. J. Kedokteran. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & GoGourgoulianis, Ki Falsabiten Cozida lan Falsure-Negusy: 19 Kasus: Pencegahan lan strategi manajemen ambegan, vaksinasi, lan perspektif. Mouliou, DS & GoGourgoulianis, Ki Falsabiten Cozida lan Falsure-Negusy: 19 Kasus: Pencegahan lan strategi manajemen ambegan, vaksinasi, lan perspektif. Mouliou, DS & gourgoulianis, ki ложнополітельнысылителиныелиныелиныелиныелия случаи COZZILAя: Респираторния иечлактия лециия, вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & GourGoulianis, kasus positif positif lan palsu saka Kové-19: strategi perawatan ambeganonal: vaksinasi, vaksinasi lan cara maju.MULIU, DS lan Gurgulianis, kasus Ki palsu lan palsu-negatif saka Kove-19: Strategi pencegahan ambegan lan perawatan, vaksinasi lan cara maju. Pakar nyembah maneh. obat. 15 (8), 993-1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 diagnosis ing Departemen Darurat: ndeleng wit nanging ilang alas. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 diagnosis ing Departemen Darurat: ndeleng wit nanging ilang alas.Mouliou, DS, Ioannis, P. lan Konstantinos, G. Cozid-19 diagnosis ing departemen darurat ing departemen darurat: Delengen wit, ilang alas.Muliou DS, Ioannis P., lan Konstantinos G. Cozid-19 diagnosis ing kamar darurat: ora cukup alas kanggo wit. Katon. obat. J. https://doi.org/10.11/emermed-2021-212219 (2022).
DEGLI-ANGELI, E. et al. Validasi lan validasi kinerja analitis lan klinis ing abbott realtime Sars-Cov-2. J. Clinical. Virus. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/J.JCV.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, KALANTAR-NEYESANAKI, D., FAZLALAPOUR, M. & AFLALAPAPOUR, M. & Aflatoonian, B. Perbandingan infeksi virus saka RTS sing beda karo RT-PCR konvensional. Mlazlai, HR, Afshar, Aa, Kalantar-Neyestanaki, D., FAZLALAPOUR, M. BISAN AFLATOONIAN, B. GENLISI INFIGRIS PRORTOM kanthi RT-PCR konvensional.Mollaei, HR, Afshar, Aa, Kalantar-Neyestanaki, D. lan Aflatunyan, B. Perbandingan saka macem-macem infeksi infeksi virus dening RT-PCR konvensional. Mlazlai, HR, Afshar, Aa, Kalantar-Neyestanaki, D. & Aflatepour, M. Mollaei, HR, Afshar, Aa, Kalantar-Neyestanaki, D.Mollaei HR, Afshar Aa, Kalantar-Neyestanaki D, FaZlalipour M. lan Aflatunyan B. Perbandingan saka genoma COVID-19 saka macem-macem infeksi infeksi virus dening RT-PCR konvensional.Iran. J. Mikrobiologi. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Asil awal saka program penilaian kualitas nasional kanggo deteksi urutan genome SARS-Cov-2. J. Clinical. Virus. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/J.JCV.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Evaluasi analitis khasiat saka limang kit PCR kanggo sindrom pernapasan akut sing abot banget Coronavirus 2. J. Clinical. Laboratorium. Anus. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. et al. Evaluasi pitung sing kasedhiya SARS-Cov-2 RNA Deteksi SARS-2 RNA ing China adhedhasar reaksi chain polymerase wektu nyata-wektu (PCR). Klinik. Kimia. Laboratorium. obat. 58 (9), e149-e153 (2020).
Van Casteren, PB et al. Perbandingan pitung puluh rt-prac-19 kit diagnosa. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Perbandingan kinerja diagnostik saka rong kit PCR kanggo deteksi asam nuklir SARS-Cov-2. J. Clinical. Laboratorium. Anus. 34 (10), E23554 (2020).
Lefart, PR, lan sapiturute minangka pituduh komparatif saka platform asplifikasi asplifikasi asplifikasi (NAAT) nuklik (Naat) nukleik (NAAT) Tes (NAAT) nuklik (NAAT) Tes (NAAT) nuklik Diagnosis. Mikrobiologi. Nginfèksi. Bapak. 99 (1), 115200 (2021).
Abbott molekul. Paket Sistrissi Sets-Cov-2 SARS-Cov-2 Siswa. https://www.molecular.abbott/us/en/product/infectious-disease/realtime-sars-cov-2-assay. 1-12. (Tanggal 10 Agustus 10, 2020) (2020).
Klein, S. et al. SARS-Cov-2 Isolasi nggunakake manik magnetik kanthi deteksi skala gedhe kanthi cepet dening RT-QPCC lan RT-Lamp. Virus 12 (8), 863 (2020).