中文网站
Nat med | Pendhapat pirang-pirang cara pemetaan tumor terintegrasi, imun lan mikroba saka kanker kolorotal mbukak interaksi mikrobiome kanthi sistem kekebalan awak kanthi sistem kekebalan awak
Sanajan biokarke kanggo kanker usus usulan utama wis ditliti ing taun-taun kepungkur, pedoman klinis klinis saiki mung ing Tumor-Lymph Node-Tumor-Lymat (MMR) (Saliyane tesasi patologi mikroflite) kanggo nemtokake rekomendasi patologi standar. Peneliti wis nyathet kekurangan asosiasi antarane respon kekebalan gen, lan stroma tumor ing Kanker (TCGA) Kanker Colorectal Atlas lan kaslametane.
Nalika riset wis maju, ciri kuantitatif kanker kolorektal utama, kalebu korer mRNA, kekebalan, utawa kanker mikroba, nanging isih ana pangerten babagan kepinteran klinis.
Kanggo nyusoni hubungan antara kerumitan lan asil fenotipit, tim peneliti saka Sidra saka Institut Kesehatan Sidra sing bubar sing nggawe skor terintegrasi kanthi nggabungake klompok slamet sing apik kanthi nggabungake karakteristik mikrobiome (ICR). Tim kasebut nindakake analisis jinis jinis beku sing rumus saka 348 pasien kanthi kanker kolorektal utama, kalebu reseptor RRNOgal utama, kalebu reseptor RRNOgal RNA lan kaping pindho, sing dipatifikasi RRNA Gen, sing dipatifikasi RRNA RNA, sing cocog karo mikrobiome. Panaliten kasebut diterbitake ing Alam Alam minangka "tumor terintegrasi, imun lan Microbiome Atlas kanker".
Artikel sing diterbitake ing Alam Alam
Gambaran Umum AC-iCAM
Peneliti nggunakake platform genom orthogonal kanggo nganalisa conto tumor beku sing seger lan cocog karo jaringan usus kanker bersikologi tanpa terapi sistemik. Adhedhasar sequencing kabeh-seq, kontrol data data RNA-SEQ, lan jenom Screening, lan data genomik saka 348 pasien saka 348 pasien sing disimpen lan digunakake kanggo analisis hilir sing ana 4,6 taun. Tim riset sing dijenengi sumber Sidra-Lumc AC-ICAM: Peta lan pandhuan kanggo interaksi imun-kanker-kanker (Gambar 1).
Klasifikasi molekuler nggunakake ICR
Njupuk sawijining modular penanda genetik imun kanggo kanker immunosurveillance terus-terusan, sing diarani kekebalan, yaiku tim riset kanthi nggunakake ICR kanthi nggunakake jinis kanker sing beda-beda, kalebu kanker kanker sing beda-beda, lan kanker kanker, lan kanker payudara. ICR uga wis ana hubungane karo tanggapan immunotherapy ing macem-macem jinis kanker, kalebu kanker payudara.
Kaping pisanan, peneliti validasi teken ICR saka Cohort AC-ICAM, nggunakake pendekatan klasifikasi berbasis berbasis ICR kanggo ngelasake Cohort menyang telung klusip / tinggi icr (tumer adhem (tumer sing adhem). Peneliti sing ditondoi propensitas kekebalan kekebalan sing ana gandhengane karo subtipe molekul konsensus (CMS), klasifikasi basis transkriptome kanker usus transkrip. CMS kategori kalebu CMS1 / Kekebalan, CMS2 / Canonical, CMS3 / metabolis lan CMS4 / Mesenchymal. Analisis nuduhake manawa skor ICR disegelake karo jalur sel kanker ing kabeh subtipe CHMS ing kabeh subtipe CMS, lan koréra positif karo imunosupressive lan dalan sing gegandhengan karo immunosupressive lan stormal mung diamati ing tumor CMS4.
Ing kabeh CMS, kelakuan sel-surah alami lan t sel-subtet paling dhuwur ing subset imun sing paling dhuwur, kanthi macem-macem os (tokoh 1D) luwih murah (tokoh 1D) luwih murah (tokoh 1D), validasi ICR prognostik ing kanker colortical.
Gambar 1. Desain sinau AC-ICAM, tandha gene sing gegandhengan karo imun, subtipes molekuler lan slamet.
ICR Takun Tumor sing Disedhiyakake Tumor, sel Tumor sing dikumpulake
Mung sel-sel cilik Tisu Tisu sing wis dilaporake khusus kanggo antigen tumor (kurang saka 10%). Mula, mayoritas sel intra-tumor diarani sel-sel tstander (sel bystander T). Korelasi sing paling kuat kanthi jumlah sel T sing produktif diamati ing subpopulasi Cell lan Leukosye (dideteksi karo subpopulasi T Cell TH (Gambar 2A). Ing klasifikasi ICR (umume lan klasifikasi CMS), klawan sing paling dhuwur saka CMS1 SQS1 / Kemewatan CMS sing dhuwur lan CMS (Gambar), kanthi proporsi paling dhuwur. Nggunakake transcriptome (18,270 gen), enem gen ifr (ifng, stat1, irf1, ccl5, gzma, lan cxma, lan cxma, lan cxma, lan cxma, lan cxma, lan cxma, lan cxma 2d). Klonitas TCR ImmunoseQ luwih kuwat karo gen sing paling akeh tinimbang sing diamati kanthi nggunakake tandha-tandha CD8 + Tumor-responsif (Gambar 2F lan 2G). Kesimpulane, analisis ing ndhuwur nuduhake yen tandha ICR njupuk anané tumor ing weteng, sel sing dikhentikan kanthi kliwat lan bisa nerangake implikasi sing ramah.
Gambar 2. Metrik lan korélasi TCR kanthi gen sing gegandhengan karo gen, kekebalan lan subtipe molekul.
Komposisi mikrobiome ing jaringan kanker sehat lan comeng
Peneliti nindakake 16s RRNA urutan nggunakake DNA sing dijupuk saka jaringan titik sing cocog lan saka 246 pasien (tokoh 3A). Kanggo validasi, peneliti uga nganalisa data kanthi urutan kaping 16s RRNA Gene saka tambahan 42 conto conto Tumor 42 sing ora cocog karo DNA normal sing kasedhiya kanggo analisis. Kaping pisanan, peneliti mbandhingake macem-macem flora Flora ing antarane tumor sing cocog lan jaringan usus sehat. Perfringer Clostridium tambah akeh ing tumor dibandhingake karo conto sing sehat (Gambar 3A-3D). Ora ana bedane sing signifikan ing Alpha Diversity (macem-macem lan spesies spesies ing conto tunggal) ing antarane conto tumor lan sehat, lan nyuda macem-macem mikrobial sing kalebu tumor sing dhuwur.
Kanggo ndeteksi asosiasi sing relevan karo antara profil mikroba lan asil klinis, peneliti ngarahake data urutan 16s rrna gen kanggo ngenali fitur mikrobiome sing prédhiksi slamet. Ing AC-ICAM246, peneliti dadi model regresi OS COX regresi sing dipilih 41 fitur karo koefisien non-nol (digandhengake karo risiko kematian diferensial), sing diarani MBL Classifiers (Gambar 3F).
Ing pelatihan iki Cohort (ICAM246), Skor MBR sing kurang (MBR <0, Low MBR) digandhengake karo resiko pati sing signifikan (85%). Peneliti ngonfirmasi asosiasi antara MBR (Risiko) lan OS sing dawa ing rong Cohorts sing sah (ICAM42 lan TCGA COAD). (Gambar 3) Panaliten kasebut nuduhake korélasi sing kuwat ing antarane skor Cocci lan MBR, sing padha karo tebu lan jaringan usus sehat lan sehat.
Gambar 3. Mikrobiome ing jaringan tumor lan sehat lan hubungan karo tekane ICR lan kasangsaran.
Kesimpulan
Pendhaftaran pendekatan multi-omik sing digunakake ing panaliten iki ngidini deteksi lan tliti molekuler saka pembatalan molekake ing kanker colorectal ing kanker colorectal lan mbukak interaksi ing antarane mikrobiome lan sistem kekebalan awak. Sequencing Tukang Tumor lan Sehat ing Tanduran sing sehat dicethakake manawa efek prognostik bisa amarga kemampuane kanggo nyekel tumor sing digawe mudhun lan bisa dadi turunan khas anti antigen khusus.
Kanthi nganalisa komposisi mikrobiome tumor nggunakake 16s RRNA Gene Sequencing ing conto AC-iCam, tim kasebut ngerteni tandha mikrobiome (skor MBR Risk) kanthi nilai prognostik sing kuwat. Sanajan teken iki asale saka conto tumor, ana korélasi sing kuat ing warna kolorektum sing sehat lan skor Tumor MBR, nuduhake manawa tandha iki bisa njupuk komposisi mikrobiome Gut. Kanthi nggabungake skor ICR lan MBR, bisa uga ngenali lan ngonfirmasi lan validasi biformer siswa logi-ahli sing prédhiksi kaslametan ing pasien kanker. Dataset multi-omoki sing sinau nyedhiyakake sumber daya kanggo mangertos biologi kanker celon lan mbantu nemokake pendekatan terapeutik pribadi.
Wektu kirim: Juni-15-2023
Setelan privasi